Да, такое часто практикуется, зачастую продается не объект, а именно, как вы указали в вашем вопросе, продается ООО или доля в ООО, на балансе которого находится объект. Поэтому в хорошем агентском договоре через запятую должны быть предусмотрены все эти вещи. Это договор на продажу объекта, либо долей в ООО, на балансе которого находится объект. Такое зачастую бывает в коммерческой недвижимости. Это нужно предусмотреть в агентском договоре.